«Су шаруашылығы, экология және құрылыс» факультетінде 10 гранттық және шаруашылық келісім-шарт бойынша ғылыми-зерттеу жұмыстары 10 млн. теңге көлемінде жыл сайын орындалуда.
Ғылыми зерттеулердің негізгі бағыттары: қоршаған ортаны қорғау, табиғат қорларын тиімді пайдалану, ғимараттар мен құрылымдардың техникалық және сейсматикалық жағдайын әр түрлі агроклиматтық зоналардағы өзгерісін жан-жақты талдау жасау және техникалық ұсыныстар беру.
Ғылыми зерттеу жұмыстарының жетекшілері: т,ғ.д., профессорлар Жұмабеков Ә.Ә., Сенников М.Н., Мұстафаев Ж.С., Сағындықов А.А., Сейітқазиев Ә.С., Әлімбаев Б.Ә. және Мұсаев А.И.
Факультетте ғылыми-өндірістік бөлімдер жұмыс істеуде:

• «Геоэкология және мелиорация» ғылыми – зерттеу институты (жетекшісі ҚАШҒА академигі а.ш/ғ.д., профессор Жұмабеков Ә.Ә.);
• «Сенімділік» ғылыми-іздестіру орталығы (жетекшісі, т.ғ.д., профессор Әлімбаев Б.Ә.).

Факультетте студенттердің «Агромелиорация», «Эколог», «Жасыл кітап», «Жер өлшеуші», «Жануарлар әлемі», «Глобус», «Сәулетші», «Құрылысшы», атты ғылыми үйірмелері жұмыс істейді.
Үйірмелерде студенттер жетекші профессор, доценттердің жетекшілігімен ғылыми жұмыстарды орындап, нәтижелерін ғылыми есептерді және статьяларды жазуда қолдануда.
Факультеттің қызметкерлері «ҚР жоғарғы оқу орнының ең ұздіқ оқытушысы» атты ҚР білім және ғылым министрлігінің грант иегерлері: Әбдіраманов Ә.Ә. (2006 ж.), Сағындықов А.А. (2007 ж.), Сенников М.Н., Жұмабеков  Ә.Ә. (2008 ж.), Сейтқазиев Ә.С. (2009 ж.), Іңкәрбеков Н.О.
Факультетте арнайы мамандандырылған зертханалармен жабдықталған, ол жерде қазіргі сұраныстарға сай оқу және ғылыми іздестірулер, зерттеу жұмыстары жүргізілуде. Мамандандырылған кабинеттер мен залдар компьютерлік техника, интерактивті тақталармен және т.б. жабдықталған.

• Ресей: М.И. Меделеев атындағы химико-технологиялық университеті (Мәскеу қ.), Темірбетонның ғылыми іздестіру институты (Мәскеу қ.), Мәскеу гидромелиоративтік университеті, Скрябин атындағы агроуниверситеті, Новосибир инженерлік-құрылыс академиясы (Новосибирск қ.), Санкт-Петербург мемлекеттік политехникалық университеті (СПбГПУ, Санкт-Петербург қ.), Мәскеу мемлекеттік табиғатты пайдалану университеті, (МГУП, Мәскеу қ.), Ресейлік гидротехника және мелиорация ғылыми зерттеу институты (ВНИИГМ) және т.б.
• Өзбекстан: А.Р. Беруни атындағы Ташкент политехникалық институты, Өзбекстан мақта институты, Ташкент ирригация және мелиорация институы, САНИИРИ (Ташкент қ.) және т.б.
• Қырғызстан: Қырғыз аграрлық университеті, Қырғыз-славян университеті және т.б.
• Алыс шет елдерден: Германия, АҚШ, Қытай т.б.