Ежегодно на факультете «Водное хозяйство, экология и строительство» ведутся научные исследования не менее чем по 10  грантовым и хоздоговорным  темам с общим объемом  финансирования более 10 млн.тенге.  
Направления  проводимых научных исследований связаны с комплексным изучением, анализом и техническими рекомендациями по: охране окружающей среды, эффективности природопользования и контроля техническими и сейсмическими состояниями зданий и сооружений в различных агроклиматических зонах.
Руководителями научных исследований являются: 
- д.т.н., профессоры: Джумабеков А.А., Сенников М.Н., Мустафаев Ж.С., Сагындыков А.А., Сейтказиев А.С., Алимбаев Б.А., Мусаев А.И.
При факультете функционируют научно-производственные подразделения:
Научно-исследовательский институт геоэкологии и мелиорации (рук. - академик КАСХН д.с/х.н., профессор Джумабеков А.А.), Научно-исследовательский центр «Сенімділік» (рук. - д.т.н., профессор Алимбаев Б.А.).
На факультете функционируют научные студенческие кружки: «Гидроэнергетик», «Эколог», «Агромелиорация», «Жасыл кітап», «Землемер», «Жануарлар әлемі», «Глобус», где студенты под руководством ведущих профессоров и доцентов выполняют научные работы, участвуют при выполнении учебных и научных тем, при написании отчетов и статей.     
Сотрудники факультета являются обладателями гранта МОиН РК «Лучший преподаватель вуза» РК, в разные годы ими были д.т.н., профессора: Абдураманов А.А. (2006г.), Сагындыков А.А. (2007г.), Сенников М.Н., Джумабеков А.А. (2008г.), Сейтказиев А.С.(2009г.), Инкарбеков Н.О. (2013г.), Сагындыков А.А.(2014).
Факультет располагает специализированными  лабораториями, где проводятся современные учебные и научные исследования.   Имеются специализированные кабинеты и залы, оснащенные компьютерной техникой и интерактивными досками и пр. 
Институт поддерживает научные связи со следующими организациями:

• России: Российский химико-технологический университет им. М. И. Менделеева (г. Москва), Научно-исследовательский институт железобетона (г. Москва), Московский гидромелиоративный университет, Агроуниверситет им. Скрябина, Новосибирская инженерно-строительная академия (г. Новосибирск), Санкт-Петербургский государственный политехнический университет (СПбГПУ) (г. С-Петербург), Московский государственный университет природообустройства (МГУП) г. Москва), Всероссийский научно-исследовательский институт  гидротехники и мелиорации (ВНИИГМ) и др.
• Узбекистана: Ташкентский политехнический институт им. А.Р. Беруни (г. Ташкент), Узбекский институт хлопководства, Ташкентский институт ирригации и мелиорации (г. Ташкент), САНИИРИ (г. Ташкент) и др.
• Киргизии: Киргизский Аграрный университет, Киргизско-славянский университет и др.                       
• дальнего зарубежья: Германия, США, Китай и др.